たぶんこの文章はベテランの方々にはまったく役に立ちません。そのことを踏まえてお読みください。
まず、どのポケモンを使うかを決めましょう。（あたりまえ）
楽に勝つならラティアス、ラティオスは必須。
みちづれを遺伝させたサーナイトや、はかいこうせんを覚えたケッキングなどもおすすめです。
あとはじこさいせい等回復技があって打たれ強いポケモンもいいです。
１匹は打たれ強いポケモンを入れましょう。ミロカロスに苦戦します。
やはりミロカロスにどくどくを覚えさせるのが最も良いと思います。
他にはまきびし持ちエアームド等も有効です。
ただ、後半になると敵のパラメータが異常に高いので、打たれ強いポケモンは最終的に苦戦します。
攻撃中心のポケモンを２匹、打たれ強いポケモン１匹が最も良いと思います。

使用ポケモンを決めたら、そのポケモンのタマゴを何匹かえして能力が高いポケモンを選びましょう。
なお、タマゴから生まれるポケモンの個体値は親の個体値に影響を受けるようです。
POKeDEX250様の個体値計算ツールを参考にして元々のポケモンも高いものを選びましょう。
伝説系は捕獲する時マスターボールを使って能力の高いポケモンを選ぶといいでしょう。
次に、ポケモンをレベル５０または１００まで育てますが、努力値に注意しましょう。
ポケモン一匹を倒すごとに貰える努力値は同じくPOKeDEX250様にデータがあります。
努力値の割り振りは個人で差がありますが、回復技を使えるポケモンは防御重視、
それ以外のポケモンは攻撃またはとくこう＆素早さ重視がいいでしょう。
中途半端にするより一点集中のほうがいいです。
努力値が最大になるとカイナシティのがんばりやさんでがんばリボンが貰えるので、
がんばリボンを貰った後は四天王等レベルの高いポケモンと戦わせてさっさとレベルを上げましょう。

技は回復技を使うならどくどくが欲しいです。（その他、どくどくがあるならまもるなども有効）
他のポケモンは攻撃技重視でいきましょう。
あと、技が４つすべて物理攻撃だけとか、特殊攻撃だけというのはやめたほうが無難です。

カウンターやミラーコートでやられます。
メタグロスの攻撃が高いからといって物理攻撃だけになさらないよう・・・。


以上、あたりまえのことしか書いてませんがこれから挑戦する人の参考になれば幸いです。